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　　温州医科大学第二临床医学院是在温州医学院临床医学二系和儿科系基础上创建的。学院以温州医科大学附属第二医院、附属育英儿童医院、浙江省立育英医院为依托，实行“四块牌子，一套班子”的管理方式，下设学院办公室、教学管理科、学生工作办公室。设有临床医学、麻醉学、中医学、康复医学四个本科专业及后期分流的儿科方向班，其中临床医学专业是国家一类特色专业和浙江省重点专业，也是该校招生设置最早、招生数最多、规模最大的专业。拥有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、麻醉危重病学、中医学、康复医学等19个教研室。拥有内科学、外科学、妇产科学、儿科学等16个硕士点和眼科学、外科学、妇产科学3个博士点。

　　学院有浙江省儿童呼吸疾病诊疗研究中心和浙江省脊柱外科中心两个省级医疗中心，温州医科大学儿科研究所、骨科研究所、疼痛研究所、麻醉神经内分泌研究所设在该院，有7个省级医学重点（扶植）学科、3个中医药重点学科和4个重点专科。近三年获得国家自然科学基金9项，获得省自然等省部级课题37项，拥有正高职称教师104人、副高职称244人；具有硕士学位436人，博士学位35人；硕士生导师94名；博士生导师7名。

　　学院不断拓宽和完善临床实习基地的建设，已拥有台州医院、嘉兴市第一人民医院、宁波市第一人民医院、上海交大医学院附属瑞金医院等二十余所教学及实习医院。学院承担留学生、硕士研究生、在职研究生和五年制全日制本科生的临床医学教学任务。

　　学院以“诚信、奉献、求精、创新”作为院训，以培养厚基础、宽口径、强技能、高素质、有创新能力的医学专门人才为己任，努力开拓，不断进取，为社会输送更多的、适应医学发展和社会需求的高层次医学人才。

　　国家一类特色专业、浙江省重点专业：临床医学

　　浙江省重点建设专业：麻醉学

　　浙江省高校重点学科：儿科学、麻醉学

　　浙江省医学重点学科：儿科学、麻醉学、康复医学、骨外科学、围产医学

　　省级精品课程：儿科学、妇产科学、临床麻醉学

　　校级精品课程：中医学、中医基础理论、神经病学、麻醉危重病学、病理学、金匮要略

　　温州医科大学检验医学院、生命科学学院是于2004年成立的二级学院。前身为创建于1986年的检验系。学院实行“两块牌子、一套班子”的行政建制模式。设有医学检验、生物技术、生物科学、海洋科学四个本科专业。其中医学检验专业为国家特色专业建设点、浙江省重点专业和温医特色专业，生物技术专业为浙江省重点专业。学院面向全国20多个省市、自治区招生，有学生1175人，其中博士生9人，硕士生248人，本科生918人。