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1981年，获全国首批硕士学位授予权。作物栽培与耕作学、作物遗传育种、昆虫学、经济林4个专业获准设立硕士点。1984年，获全国第二批博士学位授予权。作物栽培学与耕作学、昆虫学2个专业获准设立博士点，博士指导教师分别是著名甘蔗专家周可涌教授和著名昆虫学家赵修复教授
。1986年，全院迁回福州市金山新址
。2000年福建农业大学和福建林学院合并为福建农林大学。2003年，学校被确定为福建省重点建设高校。
办学实力
师资力量
截至2014年10月，学校共有教职工2300多人，其
校园平面图
(2张)
中中国科学院、中国工程院院院士（含双聘）10人、全国杰出专业技术人才2人、美国科学院院士3人、国家“千人计划”专家4人、教育部长江学者4人，入选国家“百千万人才工程”等各类国家级人才130多人次
。
教学单位
福建农林大学二级学院/教学单位名单 | 学院名称 | 学院名称 | 学院名称 | 福建农林大学作物科学学院
福建农林大学植物保护学院
福建农林大学园艺学院
福建农林大学林学院
福建农林大学生命科学学院
福建农林大学动物科学学院
福建农林大学蜂学学院
福建农林大学资源与环境学院
福建农林大学食品科学学院
福建农林大学材料工程学院
福建农林大学计算机与信息学院
福建农林大学机电工程学院
福建农林大学交通与土木工程学院
福建农林大学管理学院/旅游学院
福建农林大学公共管理学院学院
福建农林大学研究生学院
福建农林大学艺术学院/园林学院（合署）
福建农林大学安溪茶学院
福建农林大学海外学院/留学预科学院（合署）
福建农林大学成人教育学院/远程教育学院（合署）
福建农林大学经济学院/农村发展学院（合署）
福建农林大学马克思主义学院福建农林大学MPA教育中心福建农林大学MBA教育中心
福建农林大学南平校区独立学院：福建农林大学东方学院、福建农林大学金山学院
软件人才培养基地：软件工程学院
学科建设
学校是全国首批硕士学位授予单位和第二批博士学位授予单位。据2014年12月，学校共有2个国家重点学科（含培育）、3个部委重点学科；有11个一级学科博士点，23个一级学科硕士点，11个博士后科研流动站，数量均居全国省属农林院校第2位；在全国第三轮学科评估中，1个学科进入全国前5名，4个学科（植物保护、林学、林业工程、风景园林学[6-9]
）进入全国前10名， 8个学科进入全国前20名，均占福建省属高校50%左右。